Berkas SYS digunakan oleh sistem operasi Windows maupun Microsoft DOS dan Windows. SYS Ini mencakup variabel, pengaturan sistem, dan juga fungsi-fungsi yang dipergunakan untuk menjalankan sistem. Pada umumnya dipakai untuk penyimpanan driver suatu perangkat serta fungsi-fungsi penting lainnya dari Windows.
Selain itu, format berkas SYS juga termasuk kode utama sistem operasi untuk DOS yang disebut juga sebagai DOS kernel (inti).